光绪元年（1875）十月初三，胡瑞澜将案情审结上报朝廷，称此案无有冤滥，拟按原审判罚定罪：葛毕氏以因奸同谋杀夫罪，拟凌迟处死；杨乃武以奸夫起意杀死亲夫罪，拟斩立决，又以作假呈词京控，罪加一等；“钱宝生”拟以私卖砒霜致成人命罪，拟杖八十；王阿木以强令“钱宝生”递交悔呈，又为叶杨氏作抱京控，与王廷南、姚士法等拟杖八十；杨恭治、吴玉琨等为杨乃武具呈作证，递具公禀，因不知杨乃武因奸谋命情事，与并未通奸之何春芳，并未诈赃之阮德，均不予追究罪责。

除了结案报告外，胡瑞澜还向朝廷上呈了《招册》，即包括案犯杨乃武、小白菜的供词和沈喻氏、王林、“钱宝生”等证词在内的详细记录。本来按照惯例，总督巡抚审理的死刑案件只需呈报审结报告，不需要人犯供述和证人证词。胡瑞澜这样做，自然是为了表示自己秉公执法，没有徇私舞弊。

由于胡瑞澜审理此案是以钦差的身份，案情审结后，原承审官员均如释重负，弹冠相庆，还设宴宾客，都以为此案历经七审，铁证如山，不会再有反复了。然而，杨乃武案当时已经众所瞩目，成为舆论的热门话题。而案情牵扯进来的两方力量，一派是握有重权的浙江巡抚及湘军势力，一派是手无寸铁的小民，在大多数人的心中，自然而然地同情弱者，不少人更是坚信这是一桩酷刑下造就的冤案。没想到被寄予厚望的胡瑞澜最后审理的结果，依旧是维持着小白菜凌迟处死、杨乃武斩立决的原判。《申报》将胡瑞澜的审结报告予以报道后，朝野一片哗然，舆论汹汹，愤愤不平的人大有人在。

光绪元年（1875）十月十八日，户部给事中边宝泉率先发难，上奏揭发胡瑞澜与浙江巡抚杨昌浚素来交好，胡瑞澜办理杨乃武案时“外示严厉，中存偏袒”，有官官相护的嫌疑。尤其在关键环节上，胡瑞澜没有详加追究：一来是因为胡瑞澜本职掌学政，没有办过刑事案件，抓不住要害；二来胡瑞澜为杨昌浚的下属，其考成决定于杨昌浚，他当然不敢翻案得罪杨昌浚。为了表示公正，边宝泉建议该案应该交给刑部从头审理。

这位边宝泉倒跟前面那位刑部给事中王书瑞不同，并非浙江籍官员。他原籍奉天辽阳，其祖先随清军入关，属镶红旗汉军籍。在严厉防范汉人的清王朝，边宝泉可谓是朝廷的亲信一派了。甚至当年风云人物直隶总督李鸿章献瑞表，他也敢上书揭发李鸿章其人妄言妄为，不过是媚上取宠。

边宝泉奏疏上后，不但得到百姓的一片叫好声，还得到了许多官员的鼎力支持。当时怀疑杨乃武案案情可疑的除了浙江籍官员如夏同善外，还有大学士翁同龢（江苏常熟人，光绪皇帝老师）、刑部分管浙江司刑狱的司官林拱枢（林则徐第五子）等官员，因而支持将杨乃武案交给刑部复审的官员势力很大。但出人意料的是，慈禧太后却没有批准，理由是按照清朝惯例，刑部作为职掌全国刑狱的部门，事务极为繁忙，凡外省审理过的案件，不能再递交到刑部重新审理。不过，慈禧太后虽然否定边宝泉的提议，但却同意将此案案卷交给刑部详细审研，看是否有可疑之处，一一标出后，再交胡瑞澜进一步查究明晰。显然，这既是慑于朝野的舆论压力，也有慈禧太后复杂的心理在里面。

江浙是朝廷赋税重地，也是慈禧太后心中最深的痛。自太平天国平定，江浙之地一直为湘军所把握，成为朝廷的心腹大患。清廷曾经想努力改变湘军坐大一方的局面，并为此采取了种种措施，然而随着同治九年（1870）七月两江总督马新贻在南京遇刺，朝廷从湘军手中夺回江浙的计划彻底破产。尽管湘军鼻祖曾国藩不久后去世，但江浙地方实权长期把握在湘军一系手中，即使是中央政令，也经常有力所不能及的时候。杨乃武小白菜案为浙江封疆大吏亲自审定的要案，如果轻易发到刑部复审，那些浙江地方官员如何能服气？浙江巡抚杨昌浚为湘军重要将领，在已经七审七决的情况下再怀疑他的审案结果，湘军那些人会不会又认为朝廷是有意针对他们？就算杨乃武小白菜有冤情，考虑到种种不稳定的因素，慈禧太后也不愿意轻易与地方失和。但另一方面，如果真的是冤案，也许反倒是向湘军下手的一个机会。正是在这种矛盾的心态下，慈禧太后这才同意将案情发给刑部审查。

刑部接到案卷后不敢怠慢，抽调大量人手日夜阅览材料，目的只有一个——那就是找出疑点。很快，一些疑点被罗列出来：如杨乃武向“钱宝生”购买砒霜，“钱宝生”作为最重要证人，却仅仅被余杭知县刘锡彤传讯过一次，其后各次审讯均未提鞫，也从来没有让杨乃武与其当面对质，这岂不是太不合情理？

刑部提出的疑问被发给浙江学政胡瑞澜，要求他如实答复。胡瑞澜本来就是个学者，擅长文字上的功夫，立即上了一篇长奏，不但回答了刑部的疑问，还对所有疑问都作了细致弥缝，整个案情看起来更加无懈可击。

因为众人心中已经认定杨乃武是冤案，而朝中大臣为了迎合慈禧太后想借机对浙江官员下手的人大有人在，胡瑞澜这种答复当然不能令人满意，质问他的声音此起彼伏。

就在这个时候，经手杨乃武案的重要人物浙江按察使蒯贺荪突然于光绪元年（1875）十二月初二病死。不久前，蒯贺荪之子也已经病死。街头巷尾将其父子之死与杨乃武案联系起来，为此议论纷纷，满城风雨。

红顶商人胡雪岩也没有停止对此案的关注。在他的努力下，翰林院编修夏同善召集了在京任职的浙江籍官员，发动大家要为家乡做实事，当然，这实事就是要为杨乃武翻案。如果杨乃武冤情不得昭雪，整个浙江的读书人都将没有面子。在夏同善的号召下，浙江籍京官包括内阁中书汪树屏、罗学成，翰林院编修许景澄，户部主事潘自疆，吏部主事陈其璋，户部主事张桢、何维杰、周福昌、吴昌祺、徐世昌、徐树观，刑部员外郎郑训承，刑部主事濮子潼，刑部员外郎汪树堂（汪树屏兄长），主事戚人铣，工部员外郎吴文谔、邵友濂，工部主事梁有常共十八人，联名写了一份呈词，其中举出了杨乃武一案中种种可疑之处，还增加了他们听闻来自家乡的消息，要求朝廷将此案交给刑部审理，并昭示天下，以释群疑。又说此案如不平反，浙江将无一人肯读书上进矣。呈词由二十八岁的浙江余杭人李福泉呈递到都察院。

十八名官员联名呈控非同小可，都察院立即奏报给慈禧太后。慈禧太后尚在犹豫不决之时，与夏同善关系亲密的刑部侍郎袁保恒（河南项城人，袁保庆堂弟，袁世凯叔父）与大学士翁同龢也上奏疏指出胡瑞澜结案报告中疑点重重，如果再要胡瑞澜重审，只能适得其反，他必然全力掩盖案情中的漏洞和疑点，弥缝周圆，只有将此案发刑部重审，才能秉公论断。慈禧太后见杨乃武案已经轰动天下，又有这么多的浙江籍官员支持重审，疑虑被打消了，当即同意将此案发到刑部重审。刑部尚书皂保和桑春荣接奉谕旨后，不敢拖延，一面组织官吏阅览此案的全部卷宗，一面通知浙江巡抚杨昌浚，将有关犯人和证人押解到北京刑部。此时，已经是光绪二年（1876）的正月。

然而，光绪二年（1876）正月十六，杨乃武一案中最重要的证人“钱宝生”突然在杭州大狱中暴毙身亡。事情发生在最关键的时刻，“钱宝生”之死自然引来多方猜测。浙江巡抚杨昌浚和浙江学政胡瑞澜上报说“钱宝生”是在狱中病故。但有衙役说“钱宝生”是自缢身死。也有曾与“钱宝生”同狱的犯人出狱后说，“钱宝生”是余杭知县刘锡彤和杭州知府陈鲁联合买通狱吏杀死的，为的是杀人灭口。《申报》的报道则说胡瑞澜为答复刑部疑点，曾将“钱宝生”提杭州审讯，之后派差役押解其回余杭县，“钱宝生”回到家中，突然腹痛如绞，随即病故。

不论事实的真相如何，直接证人“钱宝生”一死，给审案带来极大的影响。无奈之下，只好由“钱宝生”的母亲姚氏和药铺店伙杨小桥作为替补证人。在临出发前，杨乃武家人找到杨小桥，送上银洋六百元，不求其他，只求他能说实话。

因为担心路途上再出意外以及犯人、证人串供，押解分批进行。最先被押解上路的只有小白菜一人，她坐在囚车当中，枷锁镣铐加身，四周都是戒备森严的兵丁衙役。虽然是生平第一次踏上了远途，但前方不知道什么样的命运在等待着她，心情之凄凉可想而知。当时舆论虽然支持翻案，但无论是官员还是百姓，同情的均是杨乃武，对攀诬杨乃武的小白菜则极尽辱骂鞭挞之能事。《申报》更是公然报道她“本为土娼”，并不是葛品连明媒正娶的妻子，她一个人下毒谋害了丈夫葛品连，又诬陷素有仇隙的杨乃武，作为报复。相比于杨乃武备受怜悯关注的处境，她可谓千夫所指了。

第二批押解的是证人，包括喻氏（葛品连母）、沈体仁（葛品连继父）、王氏（小白菜母）、王心培、何春芳、姚氏（“钱宝生”母）、店伙杨小桥等，一共数十人。浙江巡抚杨昌浚曾以姚氏患有癫痫病、王氏有年幼女儿为借口，请求免提二人进京，只写出证词画押即可。但被刑部断然拒绝。

杨乃武被单独安排在第三批。一路上，他和小白菜的刑伤都得到了治疗，这是因为之前胡瑞澜等人均上报说没有动用酷刑。因为刑部的严密关注，沿途均由当地官府照顾，路上倒是没有出什么差错。

光绪二年（1876）三月二十七日，第二批上路的证人抵达北京。在按照惯例搜身时，刑部人员从葛品连的母亲喻氏身上搜出一张字条，写着“刑部司员文起暨浙江粮道如山宅内居住之刘殿臣，余杭县署内姜位隆恳托”的字样。因为字条中涉及刑部官员，刑部立即如临大敌，审问喻氏字条从何而来。喻氏说是家乡余杭的远亲姜位隆所写，担心她来北京后无依无靠，让她投靠文起和刘殿臣。调查后，发现刑部司员中并没有一个叫文起的人，只有个叫文超的。因为杨乃武案情重大，刑部不敢疏忽任何一个细节，为了证实喻氏的话，竟然发告示在全国通缉刘殿臣和姜位隆。后来才知道，姜位隆本来要写的是“文超”，粗心写成了“文起”。此事弄得风声鹤唳，草木皆兵，不过最后只是虚惊了一场。经查，文超、刘殿臣和姜位隆均与案情无关。

有意思的是，这次检查还查出了证人詹善政并不是真的詹善政，原来詹善政不愿意进京作证，已经潜逃躲避起来，改由杨乃武岳母张氏家的帮工王顺发顶替。经过一番折腾后，詹善政最终还是被缉捕，押解进京。

等到涉案人员全部抵京后，刑部举行了一次大审，又叫三法司会审，指由刑部主审，都察院、大理寺会审。主审官是刑部尚书桑春荣和皂保，发话讯问的是刑部浙江清吏司郎中刚毅和另一位都察院刑科主事。当时赶到刑部署中观审的官员不计其数，“观者如堵”，后来者连插足的地方都没有。然而在审讯过程中，大堂上下鸦雀无声，众人无不倾耳细听案情经过。可见这一案件当时瞩目的程度。

犯人一带上来，就明显有受过酷刑的痕迹，这一点与之前杨昌浚具题、胡瑞澜上奏中所说的并无刑讯一节显有不符。因为杨乃武的膝盖受刑时受过伤，还没有痊愈，无法下跪，审讯官破例允许他坐在地上回答。杨乃武知道这是他最后的机会，于是就推翻前面的口供，说出了自己案发时根本就不在余杭，后来承认有罪，都是畏刑诬服。

到小白菜时，她开始尚不敢翻供。姿色出众的她虽然一再受刑，很是憔悴，但依旧还是能见到当日风韵。审讯官见她畏惧，料到是怕上刑，便温言安慰，鼓励她照实直说。小白菜终于鼓足勇气，说只以为丈夫病死，不知丈夫是服毒，毒药从哪里来的也不知道，杨乃武并没有给她毒药，二人也无奸情。

其他证人也均据实作证。“钱宝生”母亲姚氏和店伙杨小桥均说药铺从来没有进过砒霜，也没有见过杨乃武。尤其是仵作沈祥供认，验尸时并不能确认葛品连是中砒霜而死。形势急转直下，开始对杨乃武、小白菜有利。为了确认葛品连的死因到底如何，刑部紧急调运葛品连的尸棺到北京，准备重新勘验。路途遥远，为了防止尸棺被调包，刑部进行了严密的防范，派出兵丁押送，并在棺材上贴上封条。